Préchauffez le four à 180°C (350°F).
Dans un grand plat allant au four, étalez l'oignon émincé et l'ail haché au fond.
Disposez les tranches de courgettes, aubergines et tomates en alternance, en les serrant bien.
Arrosez d'huile d'olive, puis saupoudrez de thym, de sel et de poivre.
Si vous utilisez du fromage de chèvre, émiettez-le sur le dessus.
Couvrez le plat de papier aluminium et enfournez pendant 30 minutes.
Retirez le papier aluminium et poursuivez la cuisson pendant 15 minutes supplémentaires, jusqu'à ce que les légumes soient tendres et légèrement dorés.
Laissez reposer 5 minutes avant de servir, garni de basilic frais.